Accolto con favore all'ultimo Festival di Cannes (tredici minuti di applausi) e dal pubblico in sala, Rapito di Marco Bellocchio è un bel film che parla di una brutta storia: quella, realmente accaduta, di Edgardo Mortara, rapito dall'autorità pontificia alla famiglia ebrea cui appartiene a sette anni nemmeno compiuti e allevato, da lì in avanti, nella fede cattolica direttamente dal Papa Re Pio IX (Giovanni Maria Mastai-Ferretti), ultimo sovrano dello Stato pontificio (prima che, il 20 settembre 1870, la breccia di Porta Pia non intervenga a frantumare, oltre alle mura vaticane, il millenario potere temporale del papato, almeno nella sua declinazione tradizionale). 
Il piccolo Edgardo e la sua famiglia - il padre Salomone Momolo Mortara, la madre Marianna Padovani e otto fratelli, Edgardo è il sestogenito - scontano così il peccato non originale di un presunto battesimo, somministrato di nascosto al bambino a pochi mesi dalla nascita dalla giovanissima fantesca cattolica Anna Morisi. 
Che, credendo il neonato, da qualche giorno febbricitante, in pericolo di vita, aveva deciso di battezzarlo in segreto per sottrarlo al Limbo e salvargli l'anima - salvando anche la propria, visto che, come le aveva spiegato il vecchio bottegaio cui s'era rivolta per un consiglio, somministrare il battesimo a chi è in punto di morte rientra tra i primi doveri dei cristiani.

Il prelevamento di Edgardo Mortara in un dipinto dell'epoca

Una sera di giugno del 1858, mentre Edgardo gioca con i fratelli per le stanze di casa (l'ultima nata è ancora in fasce), il maresciallo Lucidi e due gendarmi bussano quindi alla porta del piccolo commerciante Momolo Mortara, nel centro di Bologna, per notificargli l'ordine di prelevamento del figlio emanato dal Sant'Uffizio: il bambino, essendo stato battezzato, è ormai irrevocabilmente cristiano e come tale dev'essere allevato. Edgardo non capisce, si spaventa (nella concitazione del momento, il padre lo spenzola fuori dalla finestra chiamando a raccolta amici e conoscenti al grido di vogliono portarcelo via, mentre il piccolo urla terrorizzato) e corre per le stanze, rifugiandosi infine dalla madre: che, in un ingenuo e struggente tentativo di proteggerlo, lo nasconde sotto la gonna (il primo dei molti nascondimenti che gli toccheranno). Ma le manovre dei familiari - Momolo andrà, invano, a chieder spiegazioni sul presunto battesimo e un'eventuale rinuncia al prelevamento del bambino direttamente a padre Feletti, l'inquisitore bolognese, che gli rifiuterà entrambe - sono inutili: caricato su una carrozza (a bordo, due pie dame in vesti di seta), Edgardo verrà tradotto direttamente a Roma, nelle grandi stanze affollate di altri bambini come lui della Casa dei Catecumeni.

Mentre lo portano via, il bambino si gira a spiare un'ultima volta la casa paterna dal finestrino della carrozza lanciata al galoppo (mentre la madre, allontanata da casa con un pretesto, lo guarda a sua volta scomparire nell'intrico di viuzze senza emettere un suono): l'oblò da cui il piccolo rapito si gira a guardare un mondo irrimediabilmente mutato diviene così un simbolo dell'innocenza perduta.
Nel film, sono quattro i velami che a varie riprese proteggono Edgardo (Enea Sala, da bimbo; Leonardo Maltese, da adulto), di fatto cancellandolo. Il primo è il lenzuolo ammucchiato sul letto sotto il quale il bambino cerca di nascondersi mentre gioca con i fratelli, prima dei fatali colpi alla porta che spezzeranno per sempre il filo dell'esistenza (l'unico e ultimo nascondiglio scelto e attuato da lui in piena libertà); il secondo è la gonna della madre (Barbara Ronchi), che disperatamente, ciecamente si sforza di riassumere, d'inglobare ancora una volta in sé il figlio in procinto d'esserle strappato via; il terzo è il lenzuolo del lettino nella camerata della Casa dei Catecumeni sotto il quale Edgardo, nascosto alla vista (ma, anche, rifiutando a propria volta l'ambiente estraneo che lo circonda), sussurra le preghiere della sua fede come ha promesso alla madre - prima che un altro piccolo convertito non glielo strappi di dosso, chiedendogli a bruciapelo: “Sei ebreo?”. Per poi istruirlo nell'arte dell'obbedienza e della dissimulazione, preziose alleate, nella sua strategia infantile, verso la libertà (“Bisogna fasse furbi...”).
Il quarto è la ricca veste papale che accoglie Edgardo mentre il piccolo gioca, ancora, a nascondino, stavolta nei giardini vaticani: sul punto d'esser scoperto, il bambino si guarda intorno; Pio IX (Paolo Pierobon) lo invita, con sorridente bonomia, a nascondersi sotto la veste; intorno, gli altri prelati abbozzano incerti sorrisi mentre il pontefice chiede, a tutti e a nessuno, “dov'è Edgardo? Dov'è finito Edgardo?”. Tutti lo sanno, anche il bambino che sta cercando il compagno nel gioco: di Edgardo si scorgono infatti ovviamente i piedi, calzati in un paio di scarpette nere da educando; ma, certo, non si può accusare del tentativo di nasconderlo - nemmeno troppo efficacemente - nientemeno che il papa; e l'altro bimbo rinuncia, sconfitto. Solo allora, e con una certa teatralità, Pio IX spalanca di nuovo il mantello per restituire Edgardo alla luce (e il piccolo corre, trionfante, a far punto).

Così come - in questo film fatto di rintocchi e oscillazioni come un vecchio orologio - il finestrino della carrozza che porta via il bambino alla sua famiglia si riverbera nel finestrino della carrozza che trasporta il corpo esanime del Papa Re. Pio IX è morto, il suo cadavere passa il Tevere sullo sfondo di Castel Sant'Angelo, la terribile e bellissima prigione pontificia; tra la folla in tumulto che vorrebbe gettarlo nel fiume c'è anche Edgardo - ormai ventenne, e già prete - insieme all'amico di sempre, al piccolo mentore di quella prima sera in convento di tanti anni prima.
Dapprima doverosamente in difesa, d'un tratto preda di una rabbia disarticolata e violenta (questo di Bellocchio è un film sulla reclusione, sì, sul rapimento, ancora, ma soprattutto sulla rabbia: quella, trattenuta e vibrante, di Marianna Mortara, che in visita al figlio non può nemmeno toccarlo; quella dell'urlo animalesco di Momolo (Fausto Russo Alesi), dopo l'ennesimo tentativo andato a vuoto; quella del bambino, che di fronte alla disperazione materna urla tutta la sua nostalgia, trascinato via scalciante dai preti; quella del popolino, che butta giù le statue del papa dittatore...), Edgardo colpisce con forza il vetro del finestrino senza riuscire a infrangerlo, scatenando la sua furia contro quel Padre padrone (“Buttiamolo giù 'sto porco di un papa!”) che gli ha stravolto la vita, trattandolo come una sorta di trofeo di caccia, di magnifica preda da esibire nel ritratto commissionato all'artista di grido. 
Per poi, incapace di liberarsi per più di qualche istante d'incoscienza, correr via nel crepuscolo, fuggendo dagli altri e da sé stesso.

La liberazione di Roma non viaggia allo stesso passo di quella dell'anima fratturata di Edgardo Mortara, il bimbo rapito cui per restare in vita è stato chiesto di rinunciare a tutto; e che adesso, di fronte al fratello Riccardo (medaglia al valore per la sua partecipazione alla presa di Porta Pia), accorso a liberarlo, rifiuta di rinunciare a tutto di nuovo e di fronte al fratello attonito ribadisce con ostinazione il proprio status sacerdotale, la propria esistenza miracolata dall'accorgimento della Chiesa (morirà, novantenne, a Liegi, senza mai rinunciare all'abito). 
Rapito, deprivato, violentato psicologicamente in giovanissima età, Edgardo è ormai soggetto al papa-padrone che ne ha richiesto la totale obbedienza, la quasi fisiologica mutazione. Si veda, nel finale, la punizione inflitta da Pio IX al ragazzo, che, ancora una volta in modo disarticolato e muto, d'un tratto gli s'è scagliato addosso, scompigliando il reverente codazzo dei prelati e gettandolo a terra; nel silenzio psicotico che segue, il papa ordina a Edgardo d'inginocchiarsi per poi tracciare con la lingua tre croci sul pavimento; il ragazzo esegue, ancora una volta senza emettere verbo; Pio IX - ansimante e provato dalla malattia - sussurra trionfante: “Vedete, come obbedisce?”.
La lingua passata sul pavimento rintocca nell'umiliazione inflitta alla delegazione di ebrei romani in visita al soglio pontificio per sollecitare clemenza nel caso Mortara. Indispettito dal clamore suscitato dal rapimento del bambino e da critiche e vignette infamanti della stampa italiana e internazionale, il pontefice accusa apertamente il capo delegazione (un notevole Paolo Calabresi, lontano dai ruoli da commedia che pure gli riescono benissimo) d'essersi fatto il giro delle redazioni della città per influenzare i suoi amici giornalisti e, di riflesso, l'opinione pubblica; di fronte al diniego costernato dell'uomo arriva, puntuale, la minaccia di rispedire la comunità nel Ghetto, il chiuso ricettacolo che li ha visti soffocare per secoli; per poi culminare nella richiesta del bacio alla pantofola. Gli astanti, uno dopo l'altro, eseguono, sfiorando col viso il pavimento, poggiando la bocca sulla calzatura polverosa.

Infine questo è un film su un padre tenerissimo, che si fa complice del rapimento del figlio pur di non inasprirne il dolore della prigionia. Momolo Mortara, che, più volte sollecitato dal rabbino capo a suscitare la ribellione del bambino (col racconto del dolore della madre, dell'angoscia in cui la sua scomparsa ha precipitato i fratelli), una volta ammesso alla presenza del figlio rifiuta di rattristarlo ulteriormente e gli porta il saluto affettuoso della mamma, che sta bene, così come i tuoi fratelli, è un padre trepidante e sollecito quanto e forse più della stessa madre, spinta dalla disperazione a una certa brutalità (il crocifisso portafortuna strappato dal collo di Edgardo, le rabbiose proteste durante il colloquio e la conseguente crisi d'angoscia del piccolo). Una rabbia, una brutalità dolorosa, sì, quelle di Marianna Padovani, ma forse in sé più terapeutiche della dolente dissimulazione di Momolo, che protegge il figlio ma non lo libera. 

E del resto l'inevitabile fallimento anche della strategia materna (appena abbozzata, per forza di cose, e subito riassorbita dalle mura del convento, dall'abbraccio stringente dei canonici addetti alla cura di Edgardo) si fa evidente nel momento in cui il figlio, sacerdote e giovinetto, si reca in visita a Marianna, ormai anziana e inferma, e cerca, suo malgrado, di somministrarle il battesimo, estraendo lentamente una boccetta da una piega della veste. Il rabbioso rifiuto di Marianna - “Io sono ebrea” - riassume qui la difesa orgogliosa di un'identità che al figlio è stata portata via.
Non a caso, Edgardo non ha partecipato ai funerali del padre, morto nel frattempo, come uno dei fratelli non mancherà di rinfacciargli, sconvolto dall'ingratitudine dell'altro (quanto dolore, ancora, in questa tela familiare così lacerata, quanta rabbia verso gli altri e verso sé stessi). L'assenza di Edgardo al funerale di Momolo è specchio dell'incapacità di rapportarsi con la figura paterna e, quindi, con la propria identità, cancellata e nascosta dalla nuova esistenza avvitatagli addosso negli anni di reclusione. Edgardo non sa ormai più come rapportarsi, come collocare la figura del padre Momolo: qualunque collocazione comporterebbe infatti una presa d'atto, un riconoscimento (dell'altro, di sé stesso, di quel che gli è stato fatto: troppo doloroso, e forse, ormai, inutile). L'assenza alle esequie di Momolo, la rabbia improvvisa seguita dalla fuga a quelle del papa: per subito rientrare, ormai definitivamente cristallizzato dopo la crisi, nell'alveo noto e rassicurante della comunità cattolica. Che lo conterrà fino alla morte.